Namen zdravljenja je stabilizacija razpoloženja, zato da se preprečijo pretirana nihanja razpoloženja. Zdravljenje bipolarne motnje je predvsem medikamentozno (z zdravili podprto zdravljenje) in uporablja se paleta zdravil: stabilizatorji razpoloženja, antipsihotiki, antidepresivi, uspavala in pomirjevala. Zdravilom se navadno pridruži psihoterapija ter psihosocialne tehnike in terapije. Kljub celostnemu pristopu k zdravljenju se pri nekaterih pacientih v akutni fazi (zlasti manije) ni mogoče izogniti hospitalizaciji.
Zdravljenje vodi psihiater. Najbolj učinkovito bo zdravljenje pri istem psihiatru skozi več let, saj osebo z bipolarno motnjo psihiater v tem času dobro spozna in skupaj ugotovita katera zdravila so učinkovita in jih človek dobro prenaša. V obdobju depresije in manije je potrebno zdravila velikokrat prilagoditi. Po prvi epizodi bipolarne motnje zdravljenje navadno traja dve leti, po drugi epizodi pet let, po tretji pa, podobno kot pri shizofreniji, vse življenje. Alkohol zmanjšuje zdravilni učinek zdravil in poveča verjetnost nastopa neželenih učinkov.
Večinoma zdravljenje poteka v ambulanti. V času hude manije in globoke depresije je potrebno zdravljenje v bolnišnici. Nekateri ljudje nikoli ne potrebujejo zdravljenja v bolnišnici.
Psihološka in psihoterapevtska obravnava je ključna kot podpora okrevanju, iskanju možnosti za zdrav življenjski slog in za razumevanje bolezni.
Izjemno redko ljudje z bipolarno motnjo razpoloženja vzdržujejo stabilno razpoloženje brez pomoči zdravil. Zdravila so zato bolj pravilo kot izjema.