S funkcionalnim magnetnim slikanjem, ki se uporablja predvsem v raziskovalne namene, je mogoče pokazati, da možgani nekoliko drugače delujejo, kadar gre za izraženo duševno motnjo. Ko se duševna motnja umakne, razlik v delovanju možganov ni več mogoče ločiti od tistih oseb, ki duševne motnje nikoli niso imele. Zato samo na podlagi slikanja možganov v času, ko motnja ni izražena, ne moremo postaviti nobene diagnoze. Funkcionalno slikanje možganov in psihološki testi pokažejo, da se možgani ljudi z bipolarno motnjo bistveno bolj odzivajo na čustveno pomembne dražljaje. Še vedno ne vemo, ali je to vzrok ali posledica motnje.
Vprašamo se lahko, zakaj se v diagnostiki ne uporablja funkcionalno magnetno slikanje možganov? Diagnoza duševne motnje s pomočjo slikanja možganov ne bi bila nič natančnejša kot če jo postavimo na podlagi klinične slike. Zato se draga in zapletena metodologija funkcionalnega slikanja možganov rutinsko ne uporablja. Rutinsko uporabljamo pa običajne slikovne tehnike kot sta CT glave in MR glave. Pri prvi epizodi bipolarne motnje se priporoča slikanje možganov z navadno slikovno metodo – ali CT glave ali MR glave. To slikanje je namenjeno izključitvi različnih drugih razlogov za težave. To pomeni, da če ni prisotnih nobenih drugih problemov in je pri človeku izražena samo bipolarna motnja razpoloženja, bo slikanje glave pokazalo normalen izvid.